基于加权基因共表达网络分析方法识别肝细胞癌发生发展的关键基因及治疗中药

李根; 贾文玉; 王雅欣; 汪红兵

doi:10.16025/j.1674-1307.2022.10.011

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基于加权基因共表达网络分析方法识别肝细胞癌发生发展的关键基因及治疗中药

临床研究 | 更新时间：2023-06-16

- 基于加权基因共表达网络分析方法识别肝细胞癌发生发展的关键基因及治疗中药
- Identification of key genes in the progression of hepatocellular carcinoma and Chinese herbal medicines with weighted gene co-expression network analysis
- 北京中医药 2022年41卷第10期页码：1127-1134
- 作者机构：
  
  1.北京中医药大学临床医学院，北京 100029
  2.首都医科大学附属北京中医医院消化中心，北京 100010
- 作者简介：
  
  李根，男，25岁，硕士研究生。研究方向：消化系统疾病的中医诊疗。
  汪红兵，E-mail：wanghongbing@bjzhongyi.com
- 基金信息：
- DOI：10.16025/j.1674-1307.2022.10.011
  中图分类号：
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李根，贾文玉，王雅欣，等.基于加权基因共表达网络分析方法识别肝细胞癌发生发展的关键基因及治疗中药［J］.北京中医药，2022，41（10）：1127-1134.

LI Gen,JIA Wen-yu,WANG Ya-xin,et al.Identification of key genes in the progression of hepatocellular carcinoma and Chinese herbal medicines with weighted gene co-expression network analysis[J]. Beijing Journal of Traditional Chinese Medicine,2022,41(10):1127-1134.
李根，贾文玉，王雅欣，等.基于加权基因共表达网络分析方法识别肝细胞癌发生发展的关键基因及治疗中药［J］.北京中医药，2022，41（10）：1127-1134. DOI： 10.16025/j.1674-1307.2022.10.011.

LI Gen,JIA Wen-yu,WANG Ya-xin,et al.Identification of key genes in the progression of hepatocellular carcinoma and Chinese herbal medicines with weighted gene co-expression network analysis[J]. Beijing Journal of Traditional Chinese Medicine,2022,41(10):1127-1134. DOI： 10.16025/j.1674-1307.2022.10.011.

摘要

目的,2,应用加权基因共表达网络分析方法（WGCNA）识别肝细胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）发生发展的关键基因及治疗中药。,方法,2,根据癌症基因组图谱（TCGA）的数据，运用R软件包limma进行差异分析，确定肝细胞癌和正常样本之间差异表达的基因，并对差异基因做富集分析，运用加权基因共表达网络分析确定与HCC患者临床特征相关的基因模块，将基因模块中的基因与DisGeNET数据库中HCC相关的差异基因做韦恩图确定关键基因，并绘制KM曲线对关键基因进行预后评估；通过ENCORI检索相关基因的miRNA，通过Coremine Medical分析治疗关键基因的中药，并构建基因-中药网络图。,结果,2,确定了3 832个差异表达基因（1 698个表达上调，2 134个表达下调）。富集分析表明，表达上调基因主要集中在细胞有丝分裂、细胞周期调控等方面；表达下调基因主要富集于有机酸、小分子、脂质代谢等过程。WGCNA确定了10个与HCC患者临床特征相关的基因模块，包括与HCC发病相关的红色和蓝绿色模块。对后2个Hub模块的基因进行筛选，共获得2个Hub基因（CCNB1、EZH2），其表达水平与预后相关（,P,<,0.05），并获得郁金和姜黄2味治疗关键基因的中药。,结论,2,CCNB1、EZH2可能为HCC发生发展的关键基因；郁金和姜黄可能为治疗HCC的潜在中药。

Abstract

关键词

肝细胞癌生物信息学关键基因中药加权基因共表达网络

Keywords

references

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